进入21世纪，以M资金作为欺诈手段的真舟雄一（佐藤浩市 饰）意外接到神秘人物“M”（香取慎吾 饰）的委托，对方要求真舟及其最信赖的助手石（森山未来 饰）从名为日本国际文化振兴会的组织手中骗取高达十兆日元的钱财，而这笔钱正来源于传说中的M资金。 延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。